L'Ecole est fondée en 1908 à l’initiative d’industriels Havrais importateurs et transformateurs de produits “tropicaux” (en particulier le coton, le cacao, le café, le sucre…). La ville du Havre est en effet à cette époque le premier port français d'importation, et la plus grande bourse internationale d'Europe pour ces produits.
L'objectif est alors de former des jeunes gens capables de suivre et de développer la production, la transformation et le négoce de ces denrées tropicales.
Dès ses origines, l'Ecole est donc tournée vers les métiers des filières agricoles des zones “chaudes” (au départ, dans les "colonies", puis dans les départements et territoires d'Outre-Mer et les pays en développement ou émergents).
Cette vocation première de développement des filières agricoles à l'international constitue l'ADN de l'ISTOM.
Créée à l'initiative du secteur privé, puis sous tutelle de la Chambre de Commerce et d’Industrie du Havre, l’Istom évolue dans sa forme institutionnelle et adopte en 1991 le statut associatif qu’elle possède aujourd’hui. Avec un nouveau projet porté par d'anciens élèves et administrateurs de l'école, elle déménage à Cergy-Pontoise au sein de l'IPSL mais reste intégrée dans un réseau d’acteurs économiques avec lesquels elle entretient des relations fortes, notamment grâce à son réseau d'anciens élèves. C'est d'ailleurs cette proximité avec le monde professionnel, et la capacité de tenir compte de l'évolution de ses besoins qui déclenche en 1999 l’initiative de faire évoluer la formation vers un diplôme d’ingénieur .
Avec le titre d'ingénieur en 2004, l'ISTOM renforce considérablement son pôle Recherche et se dote d'un Conseil scientifique. Outre le renforcement de l'approche scientifique des problématiques techniques, sociales et environnementales dans les enseignements, son activité débouche en 2018 sur la création de sa propre Unité de Recherche "Agro-Développement et Innovations aux Suds" (ADI-Suds), centrée sur l'innovation issue des initiatives entrepreneuriales et mise au
service des acteurs des filières agricoles et de leur développement durable.
Les réflexions autour de cette nouvelle compétence de Recherche amènent le Conseil d'Administration à redéfinir les priorités stratégiques de l'école, et notamment la pertinence d'un rapprochement de l'Ecole avec des pôles de Recherche en lien avec les contenus de la formation. En 2020, L'ISTOM devient membre de l'école doctorale ABIES.
Le déménagement de l'École à Angers en 2018 est l'aboutissement de ces réflexions. Le pôle mondial de compétitivité VEGEPOLYS VALLEY et un écosystème entrepreneurial, de recherche, et de formation hyper-dynamique, font en effet d'Angers un candidat idéal pour répondre aux nouvelles ambitions de l'École. Son territoire, siège des grandes entreprises et institutions du végétal, est un terrain rêvé pour multiplier les opportunités et les conditions d’exercice de la mission de formation de l'ISTOM. Le dynamisme et l'implication d'anciens élèves membres du Conseil d'Administration de l'école et acteurs du territoire, auront permis d'écrire cette nouvelle page de l'histoire de l'ISTOM.
Pour répondre à ses besoins, mais aussi aux grands changements qui s’opéraient dans le monde, l'école a traversé plus d’un siècle en changeant à plusieurs reprises de nom et de localisation.
Ces mutations qui ont accompagné l'évolution des enseignements eux-mêmes, sont la première illustration d'une valeur essentielle de la formation de l'ISTOM : la capacité d'adaptation !
De 10 mois en 1908 à 5 ans de nos jours...